대기중 이산화탄소 농도 증가에 따른 연구는 대체로 지상부에서의 반응에 초점을 맞추었으며, 뿌리 연구가 가진 관찰의 어려움, 분석의 노동집약적 특성 때문에 지하부 반응에 대한 연구는 국내에서 상대적으로 부족한 실정이다. 특히 세근(fine root)의 동태는 산림의 연간 순일차생산량(NPP)에서 상당한 비중(7~76%)을 차지하고 있다고 보고되고 있으나, 세근은 비교적 수명이 짧고 전환율이 높으며 환경 변화에 민감하게 반응하는 특성을 갖고 있어 그 동태를 관측하고 정량화하는 데 어려움을 겪고 있다. 미니라이조트론(minirhizotron)은 세근 이미지화에 가장 널리 이용되는 비파괴적 연구 방법이며, 최근 자동화된 이미지 분석 기법들이 다양하게 시도되고 있으나 아직까지 수동 기법에 비해 정밀성이 떨어진다는 한계가 있어, 각 자동화 기법들에 대한 비교 및 평가가 필요한 실정이다. 이에 본 연구에서는 대기중 이산화탄소 농도 증가에 따른 수목의 지하부 반응의 변화를 확인하기 위해 경기도 수원시 국립산림과학원에 설치된 상부개방형온실(Open Top Chamber, OTC)에 이산화탄소 농도 1.0배, 1.4배, 1.8배 환경에 각각 아크릴 튜브를 3개씩 설치하여 이를 미니라이조트론(Ci-602, CID Bio-science, Inc., WA, USA)을 통해 촬영하였다. 각 챔버에는 자생수종인 소나무, 팥배나무, 물푸레나무 등을 중심으로 연구가 이루어지고 있으며, 튜브는 2017년 5월에 설치하여 2017년, 2018년, 2020년까지 총 6회에 걸쳐 이미지화하였다. 촬영된 이미지는 최근의 오픈 소스 소프트웨어인 RootNav, DART, RootFly, SmartRoot, SegRoot를 활용하여 세근의 동태를 분석하고, 각 프로그램의 적합도를 판단하고자 결과의 신뢰도를 비교 및 평가하였다.